1999年,侯怡君出演了首部电视剧《君子兰花》,从而正式进入演艺圈。2000年,在民国情感剧《九龙传说》中担纲女主角,一人分饰二角,饰演了母亲月娘和女儿明月。2002年,出演了陈昭荣主演的三立八点档《台湾霹雳火》,在剧中饰演杨万斤的妻子林丽花。2004年,出演了陈昭荣,叶全真主演的三立八点档《台湾龙卷风》,在剧中饰演坏女人林安娜。侯怡君写真2006年,受邀担任“2006动感地带娱乐英雄会100强晋级赛”的评委。2008年,在民视八点档《娘家》中饰演为了替自杀的哥哥偿还债务,而到酒店上班的郑凯莉。2009年,出演了王识贤,李政颖,方馨,柯叔元主演的民视八点档《夜市人生》,在剧中饰演郑凯莉,与王识贤,王灿有对手戏。2010年,凭借主持《猪哥会社》获得第45届金钟奖综艺节目主持人奖。2011年,客串民视八点档《父与子》,在剧中饰演名扬集团40周年庆晚宴主持人；同年,出演了首部电影《带一片风景走》,在剧中饰演女一号秀美。2012年,与何豪杰搭档主持《笑林舞功盖天下》；之后,出演了由柯叔元,白家绮,王建复主演的民视八点档《风水世家》,在剧中与陈宇风饰演一对恋人；同年,凭借主持《猪哥会社》入围第47届金钟奖综艺节目主持人奖。2013年,在7Headlines频道发起的“想呼她巴掌的台湾恶女TOP5”网络票选活动中,侯怡君与苗可丽,丁国琳,连静雯,游诗璟被评为“经典台湾5大恶女代表”。2014年,在除夕特别节目《民视第一发发发》带领20名舞者大跳百老汇大秀,收视率最高飙到7.69；同年,出演了王敬聪执导的舞台剧《台北纽约之小王的后宫任务》,这是她首次出演舞台剧。
2012年8月,侯怡君和小她5岁的舞蹈老师卜元在《舞力全开》相识。2012年10月,她答应卜元的求婚。2013年2月,卜元在Facebook上公开婚约,甜蜜合照和婚戒。2013年7月,侯怡君与卜元分手。
2010年11月18日出席国际身心障碍日系列活动。2011年出席第九届罕见疾病奖助学金颁奖典礼活动。
侯怡君表演功力深厚,无论是好笑荒谬还是令人动容的,她在舞台上都非常突出。侯怡君演坏女人坏得很彻底,不管是《台湾龙卷风》里的林安娜,还是《台湾霹雳火》的林丽花,常以泼妇骂街的方式来诠释坏女人的角色,这样的表演方式是新奇的,也非常受到观众的爱戴。