冯芷墨出生于浙江省金华市,她从小就开始学习舞蹈,她5岁时便拍摄了某儿童保健食品的广告。2002年,冯芷墨获得浙江省“机灵贝贝”荣誉称号。冯芷墨10岁遍开始参与电视剧,电影的拍摄；之后,她在金华六中度过了中学生涯。
冯芷墨的父亲原是金华市某服装厂的厂长,企业破产后成了一名下岗工人。2008年,冯芷墨在拍摄电视剧《新安家族》的时候,与演员吴孟达因戏结缘,并认为干亲。2009年4月12日,冯芷墨的父亲因久病不愈而去世。
2017年1月,冯芷墨参加了由中国社会福利基金会联合发起的“为爱朗读”公益项目,并被授予“为爱朗读公益项目爱心大使”荣誉称号。