帝都金陵封城之后，众多的百姓心中恐慌开始冲击城门，在与官兵的冲撞之中险些引起严重的民变。荀白水(毕彦君 饰)连忙登上高台，高声对百姓劝道，虽然京城内瘟疫横行，然而当今太子还尚在东宫，长林王世子和他这个内阁的首辅也全家都留在城内，金陵作为帝都，绝对会得到上天的垂怜，希望百姓能安心等待，相信朝廷的处理措施。
一番激昂的演说终于暂时压住了民怨。然而金陵城里，瘟疫的情况却是越来越严重。每天患病者不计其数。林奚(张慧雯 饰)向萧平旌(刘昊然 饰)详细讲解了设立隔离区的必要性，并对内阁能有如此魄力，做出封城的决断略有些钦佩。然而她自己的身体逐渐吃不消了，萧平旌看在眼里，却又知道他说什么，林奚也不会停下休息，直到林奚的身体越来越弱，终于透支昏迷了过去，其实她也早已感染瘟疫。
濮阳缨(郭京飞 饰)躲在城外的山洞之中，得知金陵封城的消息，大梁朝廷的动作比他想象的要快。他本以为朝廷内会相互推诿，不敢下决断，不过这也是大梁朝廷能想到的唯一办法。并称当年长林军也是这么对他们的，这次让大梁也尝尝绝望的滋味。
泰清宫中的死难者越来越多，就算京城可以保住，这太子要是出了问题，后果会更加严重。荀飞盏(张博 饰)不由得担忧起荀白水来，荀白水比他更清楚后果，不过身为内阁首辅，朝堂的职责是必须放在前头，他绝不能在此时担忧胆怯。
林奚悠悠醒来，黎老堂主(王永泉 饰)为其把脉之后，萧平旌连忙询问病情，不过林奚此时更挂念的事吃了黎老堂主药的病人的情况，黎老堂主告诉她，只有少数人不再咯血，却依然都是高烧不退，并嘱咐林奚现在还是少动思虑，好生歇着便是。林奚却硬撑着求黎老堂主此时不宜求稳，她愿意为黎老堂主试药。黎老堂主见瘟疫肆虐，终于决定兵行险招，下了一味猛药，他的其他学生见了药方，都觉得实在太过危险，但也只得照办。
荀白水因为疫情之事，累的够呛，在案几上打起盹来。太医(郝文学 饰)叫醒了他，将他所要的当年夜秦的档案找来给他。当年夜秦国灾情最严重的夜凌城，幸存者不过三成，荀白水发现幸存之人多数都是幼童和少年，觉得很是诧异。太医告诉他，当年十五岁以下的人很不容易得病，且也非常容易治疗，但不知是何缘由。荀白水对太医宣称他只是为了疫情发展早做准备。但其实他所要寻找的正是濮阳缨的名字，他隐约间已经猜到了濮阳缨的真实来处以及他的真实目的。
黎老堂主用他的新药在林奚身上做实验，坦言如果第二天能退了烧，便可能会熬过此劫难。萧平章(黄晓明 饰)提起林奚为何一直隐藏自己的身世。黎老堂主见萧平章已经猜了出来，便坦言称林奚就是那个和萧平旌定有婚约的姑娘。原来，当年她们母女悄悄出走后，正是黎老堂主收留了她们。只是因为林深夫人整个人陷入了执念，受不得刺激，所以黎老堂主才没有通报，而当林深夫人去世之后，林奚自己又不愿意再提旧约。萧平章沉吟片刻，他只希望是上天垂怜萧平旌和林奚自出生便有的缘分，即便是要断，也不要断在此时。
林奚自知她的生命此时存于一线之间，不由得留下两行清泪，便向守在一旁的萧平旌说出了心里话，她曾想过萧平旌的样子，并称不管将来如何，她都很高兴和萧平旌相识。萧平旌不知真相，只能安慰林奚不会有事的。他见林奚病情不愈，痛苦难忍，便在药房中翻箱倒柜后找到一味药材给林奚煮了点水喝。
次日，黎老堂主为林奚号脉之后，一言不发，让萧平旌甚是担忧。萧平章却听闻荀白水曾到府上找他，便急忙来到内阁之中面见荀白水，荀白水将京兆尹李大人的供词交给萧平章，萧平章见此事是濮阳缨策划的，并不觉得意外。荀白水告诉他称，故意在金陵城炮制一个与当年夜凌城几乎一样的疫情，却不图利益，不顾后果，唯一的解释只能是复仇。他推断，濮阳缨该是夜秦国的幸存后裔，所以才会向大梁复仇。但萧平章却提起京兆尹为何要帮濮阳缨，他又不是夜秦人。这正切中了要害，荀白水谎称京兆尹李大人受了濮阳缨的重金贿赂。才酿此大祸。萧平章自然不太相信荀白水的说辞，荀白水只得称这些都是细枝末节，含糊过去。让萧平章好好照看帝都防务，并称既然是复仇，濮阳缨肯定不会是一个人。
濮阳缨正躲在他的山洞里，但由于金陵城封锁过快，他有两名手下，无量(刘曜畅 饰)和无病(范哲琛 饰)并没有及时撤出。濮阳缨深深担忧，因为他知道这两个人曾经被萧元启(吴昊宸 饰)见过。此时的萧元启正在独自调查瘟疫一事，他已然察觉到了水井的异样，正在挨个探查，却忽然见到了濮阳缨的两名手下，便跟了上去，查出了两人落脚之处。
黎老堂主调整了药方之后，病人本有所好转，却不知为何又突然恶化致死。萧平旌一听此事，心中大惊，连忙奔去看望林奚。他一路飞也般冲进了林奚的房间，见林奚还安稳得躺在病床上。黎老堂主诊脉后察觉，林奚的脉象和前厅的病人相比之下，不尽相同。
林奚的病情好转明显，这却让她和黎老堂主百思不得其解。萧平旌趁机告诉两人他曾经给林奚用一味药材泡过水喝。黎老堂主见萧平旌泡水之物，恍然大悟，之所以药方先好转后恶化，就是因为肺火未解，而萧平旌误打误撞帮了大忙。